A webhely több fájlrendszert is használ a feltöltött és generált fájlok feldolgozására és tárolására. A <code>settings.php</code> fájlban megadott <em>Nyilvános</em> fájlrendszer az alapértelmezett helye a feltöltött állományoknak. Az ebben a könyvtárban található fájlokra közvetlenül lehet hivatkozni, így az URL meghívásakor a webszerver automatikusan a kért fájlt szolgálja ki a Drupal megkérdezése nélkül. Ez bár gazdaságos erőforrás-használatot eredményez, viszont mivel a hozzáférés-ellenőrzés nem érintett, ezért az URL birtokában bárki letöltheti a célfájlt. Ezzel szemben a szintén a <code>settings.php</code> fájlban definiált, de jó esetben a webhely gyökérkönyvtárán kívül létrehozott <em>Privát</em> fájlrendszerből a kérések kiszolgálása a hozzáférés-ellenőrzéshez kötött. Ide közvetlenül nem, csak a tartalomkezelőn keresztül mutatnak hivatkozások, ezáltal a Drupal minden egyes fájlkérést elbírál, majd dönt annak teljesítéséről vagy elutasításáról. Bár ez így biztonságosabb működés, de egyben erőforrásigényesebb is. Ez utóbbi <em>Privát</em> fájlrendszert ezért kizárólag az ellenőrzött letöltésű fájlokhoz tanácsos használni, semmiképpen sem a webhely logójához, vagy a minden oldalon használt háttérképekhez. Végezetül pedig az <em>Ideiglenes</em> fájlrendszer csak a szoftver belső használatára szolgál különböző műveletek elvégzésének idejére. Mindháromról bővebb tudnivaló a <a href=":file-system">Fájlrendszerek</a> oldalán található, valamint ugyanitt állítható be, hogy melyik legyen közülük a webhely alapértelmezett tárolási módja.